宇宙開発が始まった年をアフターコロニー（以下A.C.）歴1年と定め、人類は宇宙コロニーの開発を始めた。しかし地上・宇宙での紛争や様々な疾病、技術的な問題もあり、L1にてコロニーが初めて完成するまで百年を要した。地上の紛争は収まらず、宇宙ではコロニーが武力を背景とした地球圏統一連合に従属する形での支配が続いた。
A.C.165年、コロニーの住民は連合に常に反発を抱いており、この問題を調停するための機関はヒイロ・ユイを代表に選出した。彼は非暴力・非武装の主義をコロニーや地上の各国に説いてまわり、賛同者が多数に上るもA.C.175年に暗殺される。コロニー側は混乱し、連合は治安維持のためスペシャルズ（後のOZ）を各地に派遣。その後、サンクキングダムらの完全平和主義提唱も連合の武力によって壊滅させられてしまった。
A.C.195年、宇宙コロニーの居住者達の一部は強引な武力支配を続ける地球圏統一連合とそこに潜む軍事秘密結社OZに対し、新開発した5機のモビルスーツにそれぞれ反抗の意思を示す「ガンダム」の名を冠して地球へ送り込み、世界各所でOZへの破壊行動を図った。
物語はここから始まり、この5機の内の1機に搭乗するパイロットのヒイロ・ユイ（前述の人物とは別人）を主人公に進んでいく。



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